经过长时间的战斗和包围，俄军大多战死、病死，八百多名俄军最后只剩下六十六人，粮食弹药亦消耗殆尽，尼布楚方面也无力派援军来，困守雅克萨的侵略军只能坐以待毙。

十一月，正当雅克萨围城旦夕可下的时候，一批俄国信使从莫斯科星夜奔驰，来到北京，路上历时几达一年之久。原来，俄国政府已知道雅克萨战争的消息，康熙的几封信也先后被人带到莫斯科。俄国政府清楚：中国进行自卫反击的态度非常坚决，因此十分焦急。可是，当时俄国正由彼得一世的姐姐索菲亚公主执政，贵族们争权夺利，统治很不稳定，又在西方连年作战，兵疲财尽，不可能再派大批军队到中国，困守在雅克萨的饿军眼看就有全军覆没的危险。沙俄政府为了缓和远东方面的紧张局势，决定接受清廷的建议，举行边界谈判，并派出了以戈洛文为首的谈判使团。

清朝统治者表现了极大的和平诚意，以礼接待俄国信使。在雅克萨唾手可得的情况下，同意了俄国的请求，停止战斗，解除包围，并实现单方面撤军。第二次雅克萨战斗由于中国方面倡议和平谈判并停火撤军而宣告结束。此后，中俄关系的历史进入了谈判阶段。

康熙二十八年七月二十四日（年月日），中俄双方经过长达三年的艰难曲折的谈判，正式签订了尼布楚条约。

《中俄尼布楚条约》是中国和俄国签订的第一个条约，正式文本是拉丁文本，由双方代表签字盖章。条约共六条，实质性部分包括：中俄东段边界的划分，越界侵略和逃入的处理，中俄往来贸易的规定等。

中俄东段边界的划分是条约中最重要的部分。条约明确规定，以格尔必齐河、外兴安岭和额尔古讷河为两国的分界线。又规定，外兴安岭和乌第河之间的地区暂行存放，留待后议。清政府在领土方面作了重大让步，将尼布楚及其以西直至贝加尔湖原属中国的领土让给了俄国，以换取俄军撤出雅克萨。所以条约又规定了俄国在雅克萨和额尔古讷河南岸的据点全部拆毁、迁移。

《中俄尼布楚条约》是一个平等的条约。双方代表都在各自政府事先指示的范围之内进行谈判交涉，没有也不可能用武力把自己的意志强加于对方，最后达成的协议并没有越出中俄国政府愿意接受的范围。条约明确划分了中俄两国的东段边界，从法律上肯定了黑龙江流域和乌苏里江流域的广大地区是中国的领土。

在尼布楚条约签订后的一段时间内，中俄的东段边界稳定了下来，边境相对比较平静，两国人民之间的和平交往和贸易也有了一定的发展。

虎门之战