随着对外交好列强，对内镇压太平天国运动的顺利进行，慈禧太后感觉到自己的地位已经巩固，便开始着手对付和她分享权力的恭亲王奕?。虽然在“辛酉政变”刚刚结束的时候，两位皇太后曾对奕?大加封赏，但限制奕?权势的行动，也同时被提上了日程。

奕?被授予议政王之后的第二天，两宫太后就宣告说，军国大事要由两位皇太后亲自处理，其他大臣有什么重大的事务还可以向两位皇太后上密折奏报。这无疑是给奕?一个下马威。

奕?自然一眼就看穿了慈禧太后的用意，但他觉得自己一步步苦心经营，在北京与洋人周旋，才有了今天的局面。况且，北京的很多官员都是自己一手提拔起来的，因此他并没有忌惮慈禧太后发出的警戒信号，依然我行我素。反而很有点权势熏天的架势，有时候，政见不合，他与慈禧太后当面争辩。

奕?这种“不敬”的行为便更加促使慈禧太后下定决定要限制奕?的权力。

当时，奕?的主要势力在总理衙门和军机处。这里，要特别说一说总理衙门。这个部门的建立，要从咸丰皇帝说起。咸丰十年（1860），英法联军入侵北京，咸丰皇帝被迫出逃热河，圆明园被焚毁。奕?在北京主持与外国列强签订《北京条约》之后，陷入了反思。列强的实力已经不容忽视了，遥想60多年前，乾隆皇帝还能趾高气扬地面对英国使臣马戛尔尼率领的访华使团。60年之后，大清王朝完全丧失了高高在上的资本，这个王朝已经虚弱得不堪一击了。

奕?认为，清政府再也不能靠闭目塞听来自欺欺人，于是他奏请咸丰皇帝建立总理各国事务衙门，总理外务事宜，以免总是对外务缺乏系统的认识和管理。

咸丰皇帝看到奕?的奏折后，立即召见心腹大臣肃顺、载垣等人商议。商议的内容不是该不该建立总理衙门，因为外务的重要性已经不容置疑了；而是建立总理衙门后是否会出现总理衙门权势过大，造成尾大不掉的局面。

肃顺思忖再三后，向咸丰皇帝提出的建议是：随着时事变迁，洋务事宜的增多，的确需要一个部门来加强对外务的管理。但是，不同意“总理各国事务衙门”这个提法，应该给这个衙门的名号再加上“通商”两个字。这样一来，以往设立的礼部、理藩院都还有事可干，不至于使这个部门总揽大权，也不至于让奕?的权势大到难以控制。

肃顺的这个提法，立即得到了咸丰皇帝和其他大臣的一致认可。

奕?接到咸丰皇帝的批示后，发现“总理各国事务衙门”的名号上加上了“通商”两个字，立即明白了其中的意思。但他并不肯就此罢休。一方面，总理衙门如果权力过小，对他自己肯定没有什么好处；另一方面，如果总理衙门在诸多的外务事宜上还要和礼部、理藩院互相扯来扯去，那么这个部门的意义也就不大了。

于是，奕?又给咸丰皇帝上了一道奏折，强调单纯的通商事务已经有其他部门来管理，现在清政府所面对的列强，不单单是通不通商的问题，总理衙门的管理范围也应该是包罗万象的，这样才能够更好地应对外国列强的诸多举措。

奕?的第二道奏折，振振有词，情真意切，虽然肃顺等人仍然坚持要在总理衙门上加上“通商”二字，咸丰皇帝权衡之后，还是同意了奕?的请求。

咸丰十年十二月十日（1861年1月20日），总理各国事务衙门正式批准成立，总揽外交以及与外国相关的财政、军事、教育、矿务等多方面的内容。

总理各国事务衙门（简称总理衙门）正式成立以后，不仅成为了清政府的外交机构，还成为了与军机处并驾齐驱的权力部门。而总理衙门的组织结构也是效仿军机处建立的。主要由总理大臣和章京组成。首席总理大臣一人，由亲王等皇族兼领。奕?任总理衙门首席总理大臣的时间最长，长达28年。总理大臣总体上无固定数额，总理衙门初设时，由奕?、桂良、文祥3人担任，此后人数略有增加，从七八个人至于十余人不等。在内部组织上，由英国股、法国股、俄国股、美国股、海防股、以及清档房、司务厅组成，每个股办理与自己管辖范围相关的对外事务，责任明确。在京师有海关总税务司及京师同文馆两个附属机构，抽调各衙门章京，分属办事。

“辛酉政变”之后，随着奕?权势的提升，总理衙门的地位也有了进一步的提高。总理衙门管辖的范围一步步拓展，凡是和外国有关的且不属于六部管辖范围的，都划归总理衙门管辖。比如关税、学堂、铁路、电报、海防、传教等，都是总理衙门管辖的范围。

所以，慈禧太后要限制奕?的势力。慈禧借着一次和奕?闹僵的机会，连发两道上谕，明确指出奕?今后不得为发展自己的势力而推荐官员升迁。慈禧还逐步罢免了倾向于奕?的一些官员，既达到了震慑奕?的作用，又剪除了奕?的羽翼。